Direct Entrance . Add Free . Open Shop . Make Friends . 群组 . 相册 . 视频 . 活动
You must register first

晶体与化学同行的对话

User Rating: / 0
PoorBest 
There are no translations available.

晶: 化老师,好久不见啦!学院设置的这咖啡茶座真还不错,你有经常来这里喝咖啡吗?

 

化: 没有!是第一次来,我正想问你最近我的学生送的单晶样品是不是能快点安排上机哩!

 

晶: 还没,最近送来的样品越来越多,一阵子松一阵子紧的,但我们会尽快的做出安排的。

 

化: 看来2台3台衍射仪都不够用啊!不过,我不一定要知道全部的结构,只要知道。。。

 

晶: 大概你还不了解单晶结构分析是“只批发不零售”,要么不出来,要出来就全都出来了。

 

化: 这和谱学分析不一样?我只想了解手性基团是不是带上去了,还有那个拆分是不是成功?

 

晶: 所谓X光结构分析是将单晶作为衍射光栅,首先得到大量衍射点(即进行一次富里埃变换),然后用计算方法模拟光栅(即进行一次反富里埃变换),就得到晶体的微观空间结构。从模拟得到的结构信息不仅是完整的也是权威的,敢这么说得看模拟过程有没犯大的过错。

 

化: 你知道搞化学的知道原子在空间的连接次序就够了,我们对空间群的指定不那么感兴趣。

 

晶: 是的,化学家们和晶体学家在这里有一点接不上茬,但要承认空间群问题马虎不得的。只要说一点你可能就明白,如果心对称的晶体误定为非心对称,模拟的结构数据会很粗糙,甚至会粗结构也解不出来。而粗糙结构在原子的类型和价态,单双键等的判断上容易失误。

 

化:或许你说的有点道理。不过实话实说,只要把粗结构告诉我,你说的那些都不成其为问题!

 

晶:看来我们还没达成共识。我理解你的急需,但要想到测定的结果汇集到数据库的后果。仅在剑桥晶体数据库收录的结构现在已超过50万,粗糙甚至是错误的结果将会造成污染。化学家花了九牛二虎之力合成样品,又成功培养出单晶,急急忙忙推出粗糙结果太可惜了,而向数据库存储那精确可靠的数据,使成为共享的财富,我想这是我们彼此共同的愿望吧。

 

化: 和你这么一聊我倒有点明白啦,也知道这些年来你对空间群修订那么感兴趣的原因了。

 

晶: 空间群的修订是晶体学研究的传统课题,因为对称理论是这门学科的核心。我是看到外国同行发表论文纠正我国名校的晶体结构报告后才对这个课题发生兴趣的,说来是十年前的事了。有意思的是,当时打算对日本人一些报道提出质疑时,我曾被怀疑有种族歧视哩。

 

化: 真的? 你说的我好像还是头一次听到啊,能不能请你再。。。对了,今天俺聊的够久了,下次再继续,咋样?

 

晶: 再来一杯热的如何?这免费的咖啡味道真的好极了。

 

化: 好的!。。。以后见!

 

晶: 化老师,结果看到了吧?因为你们培养的单晶质量很高,结构解的很顺利,数据也好。

 

化: 谢谢了!很高兴在学生毕业前再来上一篇SCI,这次要合作联名发表结构报告,如何?

 

晶: 可以,不过你要知道,署名就要承担责任啊,我是鼓励化学家与晶体学家多些交流的。

 

化: 还有个要求,希望帮忙尽快再解个结构发表到影响因子比较高的杂志,你知道我。。。

 

晶: 我懂啊,现在小分子结构分析真是短平快的,不过不能太着急,样品要好结构要漂亮。

 

化: 样品倒是我的国家XXX课题,结构究竟解的如何,其中是否有什么失误,那就看你们了。

 

晶: 大概和你说过,早在1998年我就发表空间群指定失误的文章,跨出学术批评第一步。

 

化: 这可要得罪人的啊! 你当年要写《再评共振论》,虽不针对某个人我还是为你捏把汗。

 

晶: 可不?空间群的修订没法回避当事人,好在从一开始我就心存“对事不对人”的原则。

我是从加州理工的 R. E. Marsh ( L. Pauling的学生?)的文章得到启发, 看到我们发表的晶体结构被他更正了, 有的结构竟是发表在大学的学报中文版, 真不知道他是怎么发现的。

 

化:大概是剑桥晶体数据库的功劳吧? 现在做学问不像从前那样可以关起门来自我陶醉了。

 

晶: 对啦!  R. E. Marsh 与以色列理工的 F. H. Herbstein从上世纪80年代就合作发表系的列晶体结构修订文章,   这是仪器高度自动化后,追速度求数量而勿视晶体学基础的后果。从1998年开始, 我们也在国内发表了系列类似的更正, 引起剑桥数据库和国内外同行的关注。

 

化:这些年来受到一定的压力吧?知道你辞掉了国内某个杂志的编委,也难找到合作伙伴。

 

晶: 没什么!我向荷兰A. L. Spek教授请教,很快发来他的 PLATON1998版本。随后大胆写信给 Marsh 和 Herbstein教授,告知我近年发现一批在文献上,特别是日本两杂志上刊载的有问题晶体结构,有些结构好像很难把握,探询能否进行合作。猜猜他们的回复是什么?

 

化: 拒绝了?

 

晶: 倒不是。他们提出:空间群修订是非常严肃的研究,发表更正结论前必须严格论证,而提出那么多国外的特别是日本人错误,我们感到是不是有些 "Racism"。

问题不难回答: 从已发表的系列中文文章不仅说明我的严肃认真,同时证明我并非专门针对某个国家的同行或舍近求远。

 

化: 结局呢?

 

晶: 合作的很愉快!  后来联名发表两篇在 Acta Cryst. B 上文章,总共七八十个结构给修正了,其中近半数结构来自日本。炮弹基本上是我提供的,与这些国外同行素未谋面,完全靠 e-mail交流。

 

化: 这可算是国际合作吧,不过没有听到反驳的意见吗?今后这类的修订也该难得一见了吧?

 

晶: 至 今还没听到不同的声音。我们不是单纯满足于追求真和美,你要知道一个结构能够提到比较高的对称性会更加漂亮,结构数据也趋正常了,但我们有迎接反批评的思 想准备。的确,经过近年多方面的统计,空间群失误呈总体下降的势头,这是问题的一个方面,但遗憾的是我们还不能过于乐观,空间群修订至今仍是我不缴学费的 网上老年大学的保留课程。

 

化:有意思!是我们国内发表的结构还是。。。

 

晶:不存在任何的偏见,不专门针对个人或杂志。由于检测程序并非万能,或可能勿视它们,或是太过于相信敲键盘。我把它称之为玩游戏,对的,电子游戏!在模拟的过程中,有同行既勿视了晶体学的基础,也忘掉了化学的基本知识。大家都懂得计算机是“Gargage in, garbage out”,如果你不重视化学基础和游戏规则,即使是老把式也难免一不小心就失足啦。

 

化: 你这么说不无新意,我仅知道X光分辨 B,C,N,O,F等轻原子就不那么敏感。别说的太不着边际了,我对晶体学确是感到比较生疏,今后发表文章还是要多听听你的为好。

 

晶: 实际上X光对与相邻的重原子也看不那么清楚,例如相邻的Ba 和La,就很容易混淆。有人认为这里可以玩游戏,随便更改结构数据就可轻而易举地炮制新的结构报告,殊不知应用化学的“键价和”计算,立即可发现是虚假的结构。化学家经常提出培养合适于结构分析的单晶有时很困难,这就是为何近年来有晶体学家专心致志于粉末法测定晶体结构的研究。

 

化: 我们搞化学合成的与测结构的真应该加强交流,下次就不妨聊聊化学家和晶体学家如何更好的合作,包括共同发表合乎规范的晶体结构报告,你看好不好?今天就聊到这里吧。

 

晶: 好的,聊的太开心了!再来杯热的如何?

 

化:老晶,好几天不见啦!我正想问你们最近帮忙测定的结构是不是就投向 Acta Cryst. E?

 

晶:为什么?这个化合物的合成路线很有新意,不是说折腾好久了,为何不投个化学刊物?

 

化:我的学生说大家还是向往这个杂志。虽说影响因子不高,每篇还要 150块美金出版费。

 

晶:这杂志的12月号已提前出版,共刊登230篇报告,中文名字作者的文章竟超过了100篇。

 

化:好傢伙,一期的出版费很可观啊!要是有一半在国内发表的话,我们杂志不就兴旺了?

 

晶:是的!但依我看Acta Cryst.对化学家来说并不是最好的杂志,太拘泥于严格而少了宽容。

 

化:你这话怎讲?

 

晶:化学家测结构毕竟是回答化学问题,有的结构其化学意义重大,但晶体学家不一定看好。

 

化:为什么?说的具体点好吗?

 

晶:比方说《Nature》和《Science》上发表了不少晶体结构有关的论文,其中有好多个评价结构测定的R因子是大于10%的,甚至2007年有篇发表在《Science》上的文章中4个结构的R因子都大于20%!要是让我有机会来审这篇投稿的话,毫不犹疑给枪毙退还给作者了。

 

化:它们大概在合成–结构–性能等方面有其特别独到之处,也就是经常所说的 “ Novel” 吧?

 

晶: 对啦! R因子大于20%的小分子结构,在X光衍射最初用于结构测定时是可接受的,到了上世纪五六十年代就一般要求不超出10%,自动化四圆衍射仪出现后希望在5%左右。如实在培养不出合适的单晶,或者说出现严重的无序结构单元,R因子最好不要大于10%。

 

化:你这么一说,我倒要考虑是不是要投到化学刊物,但考虑到SCI,是否还是投到国外?

 

晶:你是知道的,国内很多刊物已被SCI收录。就影响因子而言,国内刊物与有关国外刊物相比不分上下。例如Acta Cryst. E,2009年/ 5年影响因子为0.411 / 0.377, 实际上比我国《结构化学》的0.544 / 0.521 还低些。因此,从长远目标来说,我国期刊大有发展的空间。

 

化:好的,我基本认同你的观点。不过国内出版的周期相对而言还比较长,我有点担心。。。

 

晶:我建议你在国内先发一个简报,将我给你的有关晶体结构测定和这个有机物的晶体学数据的CIF立即递交剑桥晶体学数据中心,有该化合物的CCDC代码,我们就有了“优先”。你们投稿对CIF不那么重视,只是报道键长和键角,殊不知它们都不是原始而是二次数据!

 

化:你曾讲测了结构不一定发表,CIF存到数据库就行了,但我们搞合成的对CIF真不那么感到兴趣的啊。

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

 

晶:的确如此,剑桥数据库有包括我国学者在内以“私人通讯”直接入库的CIF,不写文章发表测定结果。这些结构是新颖的但眼下看来不一定有太大的意义,也就不花时间和精力去投稿什么的。不发表但不绝放弃CIF文件,当需要时按CIF立即可得到键长键角等等数据。

 

化:我差不多理解了,其实CIF文件在晶体学家和化学家之间搭起了桥梁,应当倍加珍惜。

 

晶:由于CIF的重要性,我们一直呼吁投稿必须向编辑部递交CIF文件,没有CIF其实也谈不上认真负责的审稿。目前在国内刊登的晶体结构报道有相当一部分仍然没有CIF文件的支持,这个局面期盼尽快得到改变,与国际上的先进作法接轨,何况做起来没任何困难!

 

化:好啦,今天咱们聊的够多了,喝咖啡吧!

You are here: 主页 Crystal BaiKe 晶体与化学同行的对话